EPON组网建设成本
EPON设备价格高于常规以太网硬件设备，成本优势只有在大型项目中得到体现，中小型项目不是很适用。
EPON设备不同厂商兼容性问题
首先是由于IEEE802.3ah只规定了MAC层和物理层，MAC层以上的标准要靠制造商自行开发，因而带来灵活性的同时也造成了不同厂商设备兼容性差及互操作性差的缺点，会导致后期及扩容对设备厂商的选择单一。
线路编码
采用了8B/10B线路编码，每10bit中有8bit有效数据，效率马上降到80%，所以其有效上行传输总带宽为1Gbit/s，即1000Mbit/s。
系统开销大
Overhead（系统开销），在计算机网络的帧结构中，除了有用数据以外，还有很多控制信息，这些控制信息用来保证通信的完成。这些控制信息被称作系统开销。
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EPON上行的系统运行开销及其占总带宽的比例如下：
